まとめ

自動装填の長所と短所は以下の通りになります。
○時間あたり攻撃力が高い。よって弾さえ尽きなければ早く倒せる。
○装填速度が「遅い」ボウガンの弱点を消すことができる。
○リロードしなくてよいため立ち回りが楽。
△通常弾と属性弾しか使えない（他は隙が大きく使えない）。
△1発あたりの攻撃力は変わらない。与えられるトータルのダメージでは速射の半分程度となる。
×自動装填スキルを発動させる必要があり、速射に比べてスキル面で圧迫される。
　
速射の長所と短所は以下の通りです。
○通常、属性の他、貫通弾などにも適用可能。
○速射にすることによるスキル面の圧迫がない。
○弾の消耗が抑えられる。
△時間あたり攻撃力は自動装填よりは劣る。
△1つの武器に対して1〜2程度の弾種しか速射が発動しない。
×撃つときの隙が大きく、リロードするタイミングも探す必要がある。
　
速射はアブソ最強というようなことも言われるけど、アブソは装填速度+2がほぼ必須、貫通1速射に隙があるため、速射の自動装填に対する利点が消えてしまいます。
なので、大連続で何種類かの属性弾を撃ちたいとき以外は他のボウガンで自動装填をつける方がよいと思われます。
マオートはトータルダメージが大きくないクエ（主に1頭クエ）なら圧倒的ですね。